Es gibt bei der grundsätzlichen Frage kein Schwarz und Weiß.
Es wurde im Mittelalter viel Mauerwerk verputzt, einfach aus Gründen des Witterungsschutzes (der ja besonders bei exponierten Bauwerken wie Burgen interessant wird), aber auch als Grundlage für farbige Fassadendekorationen, ABER:
1. Es gab Materialien, deren Oberflächenqualität in der Regel als hochwertig genug betrachtet wurde, um sie unverputzt sichtbar zu lassen, aus welchem der obengenannten Gründe auch immer. Dazu zählen diverse Natursteinarten (meist Buntsandsteine), aber teilweise auch Backstein. Ein Beispiel, das die Denkweise dahinter schön illustriert, ist der Bergfried der Burg Virnsberg in Mittelfranken. Der untere Teil wurde im 13. Jahrhundert aus Buntsandstein mit Buckelquadermauerwerk errichtet und nie gefasst oder verputzt (ist bei Buckelquadern auch nicht sehr sinnvoll). Die Aufstockung des 15. Jahrhunderts wurde aus Bruchsteinmauerwerk errichtet, dann aber verputzt, im Farbton des Sandsteins der Buckelquader gestrichen und mit Quaderimitationsmalerei versehen. Man wollte also offenbar die Optik des älteren, hochwertigen Mauerwerks fortsetzen. Als Anschauungsobjekt für die historische Qualitätsbeurteilung des Materials können Wandmalereien im Inneren der Bauwerke dienen - sind diese direkt auf das Mauerwerk gemalt (so etwa im Bamberger Dom oder in der Kirche von Schöngrabern, lustigerweise sogar auf Backstein zu finden in der Fröttmaninger Kirche), dann wurde das Mauerwerk als Sichtmaterial eingestuft und ist auch außen mit einiger Wahrscheinlichkeit offenliegend anzutreffen.
Auch im Backsteinbau sind oft nur Teile der Fassaden aus gestalterischen Gründen verputzt. Im norddeutschen Raum sind das regelmäßig zurückliegende Blenden, deren Putzflächen dann auch mit Malereien dekoriert sein konnten (Reste davon haben sich z.B. am inneren Torbau der Burg Stargard aus dem 13. Jahrhundert oder am Haus Ritterstraße 86 in Brandenburg an der Havel aus dem 15. Jahrhundert erhalten). In der bayerischen Backsteingotik gibt es Vergleichbares - besonders typisch sind die auf Putz gemalten Maßwerkfriese der spätgotischen Landshuter Bauschule, die es im Inntal sogar auf Tuffstein gibt, aber auch weiß geputzte Fensterlaibungen kamen vor (von mir gesehen u.a. an den im 15. Jahrhunderts beim Anbau der Seitenkapellen vermauerten Seitenschifffenstern der Landshuter Jodokkirche aus dem 14. Jahrhundert, kann da leider kein Bild verlinken). Für die hohe Wertschätzung des Backsteins als Sichtmaterial - wenn hochwertig gemauert - spricht auch, dass teilweise außerhalb der üblichen Verbreitungsregionen Backstein bei repräsentativen Bauten zum Einsatz kam (etwa bei der ehemaligen Augustiner-Chorherrenstiftskirche in Altenburg, genannt Rote Spitzen). Gleichzeitig gibt es Backstein im Spätmittelalter aber auch in rein technischen Anwendungen, wo die Sichtqualität als fraglich eingestuft werden kann, etwa als (Entlastungs-)bogen in Natursteinmauerwerk (so am Herzogskasten in Kelheim oder am Kloster Gnadenberg, beide 15. Jahrhundert)
2. Putz ist nicht gleich Putz. Es gibt ihn in verschiedenen Anwendungs- und Qualitätsformen, teilweise sogar am gleichen Bauwerk zu finden. Häufig sind zum Beispiel geputzte Fenster- und Türfaschen mit hochwertiger Oberfläche, geeignet für Bemalungen. Diese müssen aber nicht zwangsläufig mit einem flächigen Verputz der gesamten Fassade einhergehen. Gänzlich unverputzte Fassaden mit Faschen sind zwar selten, aber zu finden (etwa am Schloss Korb in Südtirol). Üblicher sind grobe Fassadenputze mit ergänzenden fein geputzten und teils bemalten Faschen (etwa am alten Bischofshof in Brixen aus dem frühen 14. Jahrhundert, oder am Bergfried der Burg Neuhaus an der Donau aus dem späten 14. Jahrhundert). Schließlich können Faschen auch bei einem vollflächig hochwertigen Putz noch für zusätzliche Dekoration als zweite Putzschicht aufgesetzt werden (besonders beeindruckend ist hier das Beispiel der Pfarrkirche Hohenwarth bei Krems in Niederösterreich, wo sich ein Zusammenspiel aus Fassadenputz mit Bemalung und zusätzlich aufgeputzter Fasche mit eigener Bemalung aus dem 14. Jahrhundert erhalten hat. Trägermauerwerk ist hier ein eher grobes Bruchsteinmauerwerk).
Das besonders seit dem 19. Jahrhundert sehr beliebte Freilegen einzelner großformatiger Steinbauteile in einer ansonsten verputzten Fassade (besonders beliebt bei Eckquaderungen oder Tür-/Fenstergewänden) war übrigens vorher gänzlich unüblich. Im Zweifel wurde eher flächig verputzt und dann gemalte Quader angebracht - Beispiel aus Mauterndorf, 15. Jahrhundert.